โมเลกุล คือ อะตอมมากกว่า 1 ตัว ที่ยึดกันด้วยพันธะเคมี โดยอาจรวมถึงกรณีที่มีอะตอม 1 ตัวของก๊าซเฉื่อยด้วย
พันธะเคมี คือ การแลกเปลี่ยนอิเล็กตรอนระหว่างอะตอม ที่ทำให้ระดับพลังงานรวมต่ำลงมากกว่า 1 eV
แรงระหว่างโมเลกุล คือ แรงระหว่างอะตอมหรือโมเลกุล ที่ทำให้ระดับพลังงานรวมต่ำลงน้อยกว่า 1 eV
สารประกอบ คือ สิ่งที่ประกอบด้วยโมเลกุลชนิดเดียวที่ประกอบด้วยอะตอมหลายชนิด
ธาตุ คือ สิ่งที่ประกอบด้วยอะตอมชนิดเดียว (โมเลกุลชนิดเดียว)
| H | He | ||||||||
| Li | Be | B | C | N | O | F | Ne | ||
| Na | Mg | Al | Si | P | S | Cl | Ar | ||
| K | Ca | * | Ga | Ge | As | Se | Br | Kr | |
| Sc | Ti | V | Cr | Mn | Fe | Co | Ni | Cu | Zn |
36 ธาตุ แบ่งได้เป็น 4 กลุ่ม ได้แก่
อะตอมต่างชนิดกันสามารถสร้างพันธะกันได้เป็นโมเลกุล จาก 36 ธาตุไม่รวมก๊าซเฉื่อย สามารถจับคู่ได้ 32*31/2 = 496 คู่ เกือบทุกคู่มีโมเลกุลได้และมักมีแบบเดียว แต่บางคู่ก็มีได้หลายแบบ เช่น H2O, H2O2, CH4, C2H6, C2H4
สิ่งที่มีโมเลกุลชนิดเดียวเรียกว่าสารประกอบ คุณสมบัติของสารประกอบที่ได้อาจแตกต่างไปจากธาตุอย่างสิ้นเชิง เช่น น้ำ H2O, เกลือแกง NaCl
สัดส่วนของอะตอมแต่ละชนิดในสารประกอบ มักมีสัดส่วนเฉพาะสำหรับแต่ละสารประกอบ แต่สารประกอบของโลหะหลายชนิดมักมีสัดส่วนที่ปรับได้ต่อเนื่อง เรียกว่า อัลลอย เช่น ทองเหลือง Cu1-xZnx โดยทั่วไป x~35% แต่เป็นได้ตั้งแต่ 0~100%, เหล็กกล้า(steel) ที่มักถูกเรียกว่าเหล็ก เป็นสารประกอบของเหล็ก (iron) และคาร์บอน 0.05-2.1% หากมีคาร์บอนต่ำ 0.01-0.05% เรียกว่าเหล็กดัด ดัดได้ง่ายแต่ดัดได้น้อยกว่าเหล็กกล้า หากมีคาร์บอนสูง 2.1-4.5% เรียกว่าเหล็กหล่อ ดัดได้ยากแต่เปราะกว่าเหล็กกล้า
โมเลกุลสามารถประกอบจากอะตอมหลายชนิดที่ต่างกัน เช่น ไฮโดรเจนไซยาไนด์ HCN, แคลเซียมคาบอเนต CaCO3, โพแทสเซียมเฟลดสปาร์ KAlSi3O8
จำนวนธาตุในโมเลกุลที่รู้จักมักประกอบด้วย 3-4 ธาตุ แต่มีมากกว่านั้นได้ เช่น 5 ธาตุ (H,C,N,O,P) ในดีเอ็นเอ C5H8O2+H2PO4+C5H4N5 หรือ 10 ธาตุ (H,C,O,Na,Si,Ca,Mn,Zr,Ce,Nd) ในแร่เซอสิไลต์ Na12(Ce,Na)3Ca6Mn3Zr3Nb(Si19O55)(Si3O9)2(CO3)(OH)3(H2O)
โมเลกุลจากหลายธาตุสามารถมีอะตอมจำนวนมากได้ โดยเฉพาะไฮโดรคาร์บอน CxHy มีความหลากหลายและเป็นส่วนประกอบหลักของสิ่งมีชีวิต จึงถูกใช้เป็นเกณฑ์แยกโมเลกุลออกเป็น 2 ประเภท ได้แก่
โลกประกอบด้วยสารอนินทรีย์เป็นส่วนใหญ่และมีคาร์บอนเพียง 0.02% โดยมวล แต่จำนวนชนิดของสารอนินทรีย์ที่รู้จักมีสัดส่วนเพียง 0.2% จากทั้งหมด โดยมี 0.3 ล้านชนิดในปี 2025 (0.2 ล้านชนิดในปี 2015) เทียบกับสารอินทรีย์ที่รู้จักกว่า 200 ล้านชนิดในปี 2025 (100 ล้านชนิดในปี 2015)